دانلود مقاله ترجمه شده یک الگوریتم مبتنی بر SAT، برای یافتن جاذب هایی در شبکه های بولی سنکرون(همزمان)

یک شبکه ی تنظیمی ژن(GNR) را می­توان مجموعه ای از بخش های DNA در یک سلول دانست، که ژن نام دارد دانست، که با همدیگر تعامل دارند[1]. هر ژن، شامل اطلاعاتی بوده که مشخص می­کند که ژن چه کاری انجام می­دهد و این ژن چه زمانی فعال یا منقضی است. زمانی که ژن فعال است، یک پروسه ای که رونویسی نام دارد رخ داده و یک اسید ریبونوکلئیک(RNA) که یک کپی از اطلاعات ژن بوده ایجاد می­کند. این قسمت از RNA ، می­تواند ترکیب پروتئین ها را هدایت کند. RNA یا  مولکول های پروتئینی حاصله از پروسه ی رونویسی، به عنوان فراورده های ژن شناخته می­شود.

بسیاری از مدل های ریاضی GRN که تا کنون پیشنهاد شده اند، شامل معادلات دیفرانسیل جزئی و معمولی، شبکه های بولی و قابلیت تعمیم آنها، شبکه های پتری، شبکه های بیزی، معادلات استوکاستیک هستند[2]. عموماٌ یک تنشی بین عمومیت یک مدل و قابلیت پی گیری وجود دارد. یک چارچوب ریاضی خوب ، بسته به مقیاس، ماهیت اطلاعات موجود و مسئله ی مطالعه شده انتخاب می­شود.

در این مقاله، ما مدل شبکه ی بولی [3] را در نظر میگیریم که برای بهره برداری از GRN ها در زمینه ی دیفرانسیل سلولی [4]، پیش بینی دنباله چرخه سلول[5],[6] ، کامل بودن سیستم پاسخ دفاعی[7] و تکامل[8],[9] مفید میباشد. هر گره در یک شبکه ی بولی، متناظر با یک ژن میباشد. مقادیر ورودی گره ها، فرآورده های ژن را مشخص کرده و مقادیر خروجی آن نیز سطح نمایش ژن را مشخص میکند. یال های بین گره ها نیز تعاملات بین ژن ها را نشان میدهد. این تعامل یا میتواند به صورت فعالانه باشد که غلظت فراورده های ژن را در یک ژن افزایش داده و منجر به افزایش سطح نمایش ژن در یک ژن دیگر شده و یا میتواند به صورت بازدارنده صورت گرفته که افزایش یکی منجر به کاهش دیگری میشود. ماهیت تأثیر تنظیم کننده ها بر روی یک ژن، به وسیله ی یک تابع بولی که به گره ی متناظر تخصیص داده شده است منعکس میشود...